สถาบันพระบรมราชชนก เดิมชื่อ "สถาบันพัฒนากำลังคนด้านสาธารณสุข" เป็นหน่วยงานใหม่ตามพระราชบัญญัติโอนอำนาจหน้าที่และกิจการบริหารส่วนราชการของกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ.๒๕๓๖ และพระราชฏีกาแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ.๒๕๓๖ ซึ่งกำหนดให้มีฐานะสูงกว่ากอง แต่ต่ำกว่ากรม โดยรวมหน่วยงานด้านการผลิตและพัฒนาบุคลากรด้านสาธารณสุขจากกรมกองต่างๆ ได้แก่ วิทยาลัยพยาบาล วิทยาลัยการสาธารณสุข ภาคโรงเรียนต่างๆ ในสังกัดกรมการแพทย์ กรมควบคุมโรคติดต่อ กรมอนามัย กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กองฝึกอบรม และกองงานวิทยาลัยพยาบาล สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ในปี พ.ศ.๒๕๓๗ วิทยาลัยการสาธารณสุข ได้รับพระราชทานนามเปลี่ยนเป็น "วิทยาลัยการสาธารณสุขสิรินธร" วิทยาลัยพยาบาลได้รับพระราชทานนามเปลี่ยนเป็น "วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนี"
พ.ศ.๒๕๑๗ มีการปรับโครงสร้างกระทรวงสาธารณสุข โดยมีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการของกรมต่างๆ และจัดตั้ง "กองงานวิทยาลัยพยาบาล" โดยการโอนสถาบันการศึกษาที่ผลิตพยาบาลและผู้ช่วยพยาบาล ซึ่งเคยสังกัดในกองการศึกษากรมการแพทย์และกรมอนามัย ในสังกัดกองงานวิทยาลัยพยาบาล นอกจากนี้ยังมีการจัดตั้ง "กองฝึกอบรม" โดยให้ศูนย์ฝึกอบรมอนามัยภาคทั้ง ๔ ภาค มาอยู่ในสังกัดกองฝึกอบรม
พ.ศ.๒๕๓๕ ได้มีการรวมหน่วยงานที่ทำหน้าที่ผลิตและพัฒนากำลังคนด้านสุขภาพโดยตรงเข้าด้วยกัน ทำให้เกิด "สถาบันพัฒนากำลังคนด้านสาธารณสุข" และใช้ชื่อย่อว่า สพค. ขึ้น
พ.ศ.๒๕๓๗ สถาบันพัฒนากำลังคนด้านสาธารณสุข ได้รับพระราชทานพระบรมราชานุญาตเชิญพระนามาภิไธย สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก เป็นชื่อสถาบันว่า "สถาบันพระบรมราชชนก" เมื่อวันที่ ๒๗ กันยายน ๒๕๒๗ โดยมีการตราเป็นพระราชกฤษฎีการแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข กระทรวงสาธารณสุข (ฉบับที่ ๒) และประกาศในพระราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๑๒ ตอนที่ ๕๓ ก วันที่ ๒๕ ธันวาคม ๒๕๓๘ ทั้งนี้ในปี พ.ศ.๒๕๓๗ สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อวิทยาลัยพยาบาลในสังกัดว่า วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนีและต่อท้ายชื่อจังหวัด ส่วนวิทยาลัยที่ ได้รับพระราชทานชื่ออยู่ก่อนแล้วให้คงชื่อที่ได้รับพระราชทานต่อไป ซึ่งได้แก่วิทยาลัยพยาบาลพระปกเกล้า จันทบุรี, วิทยาลัยพยาบาลศรีมหาสารคาม, วิทยาลัยพยาบาลพระจอมเกล้าจังหวัดเพชรบุรี และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาเจ้าฟ้ามหาจักรีสิริธร รัฐสีมาคุณากรปิยชาติ สยามบรมราชกุมารี (พระอิสริยยศในขณะนั้น) ได้รับพระราชทานพระราชานุญาตให้อันเชิญพระนามาภิไธย "สิรินธร" และพระนามภิไธยย่อ "สธ" มาเป็นชื่อของวิทยาลัยการสาธารณสุข โดยเปลี่ยนชื่อเป็น "วิทยาลัยการสาธารณสุขสิรินธร" และต่อท้ายชื่อจังหวัด
พ.ศ.๒๕๓๙ วิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแพทย์และสาธารณสุขได้รับพระราชทานเป็น "วิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแทพย์และสาธารณสุข กาญจนาภิเษก" พร้อมทั้งให้ประดิษฐานตราสัญลักษณ์งานฉลองศิริราชสมบัติครบ 50 ปี
พ.ศ.๒๕๖๒ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรกรมมหาวชิราลงกรณ์มหิศรีภูมิพลราชวรางกูรกิติสิริสมบูรณอดุลยเดช สยามมินทราธิเบศรราชวโรดบรมนาถบพิตร พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ประกาศว่า โดยที่เป็นการสมควรมีกฎหมายว่าด้วยสถาบันพระบรมราชชนก จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ.๒๕๖๒ ขึ้นไว้ และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๓๖ ตอนที่ ๔๓ ก ณ วันที่ ๕ เมษายน ๒๕๖๒ ให้สถาบันพระบรมราชชนกเป็นสถาบันอุดมศึกษาเฉพาะทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพที่จัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาตามกฎหมายว่าด้วยการศึกษาแห่งชาติ มีฐานะเป็นนิติบุคคลและเป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณอยู่ในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข โดยมีวิทยาลัยในสังกัดรวมทั้งสิ้น ๓๙ แห่ง เป็นวิทยาลัยพยาบาล จำนวน ๓๐ แห่ง วิทยาลัยการสาธารณสุขสิรินธรจำนวน ๗ แห่ง วิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแพทย์และสาธารณสุข กาญจนาภิเษก ๑ แห่ง และวิทยาลัยการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร จังหวัดปราจีนบุรี จำนวน ๑ แห่ง
พ.ศ.๒๕๖๒ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรกรมมหาวชิราลงกรณ์มหิศรีภูมิพลราชวรางกูรกิติสิริสมบูรณอดุลยเดช สยามมินทราธิเบศรราชวโรดบรมนาถบพิตร พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ประกาศว่า โดยที่เป็นการสมควรมีกฎหมายว่าด้วยสถาบันพระบรมราชชนก จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ.๒๕๖๒ ขึ้นไว้ และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๓๖ ตอนที่ ๔๓ ก ณ วันที่ ๕ เมษายน ๒๕๖๒ ให้สถาบันพระบรมราชชนกเป็นสถาบันอุดมศึกษาเฉพาะทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพที่จัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาตามกฎหมายว่าด้วยการศึกษาแห่งชาติ มีฐานะเป็นนิติบุคคลและเป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณอยู่ในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข โดยมีวิทยาลัยในสังกัดรวมทั้งสิ้น ๓๙ แห่ง เป็นวิทยาลัยพยาบาล จำนวน ๓๐ แห่ง วิทยาลัยการสาธารณสุขสิรินธรจำนวน ๗ แห่ง วิทยาลัยเทคโนโลยีทางการแพทย์และสาธารณสุข กาญจนาภิเษก ๑ แห่ง และวิทยาลัยการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร จังหวัดปราจีนบุรี จำนวน ๑ แห่ง
สืบเนื่องจาก ในปี พ.ศ. ๒๕๖๒ พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๑๐ มีพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ประกาศว่า โดยที่เป็นการสมควรมีกฎหมายว่าด้วยสถาบันพระบรมราชชนก จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ.๒๕๖๒ ขึ้น ให้ไว้ ณ วันที่ ๔ เมษายน พ.ศ.๒๕๖๒ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๕ เมษายน พ.ศ.๒๕๖๒ มีผลบังคับใช้ ณ วันที่ ๖ เมษายน พ.ศ.๒๕๖๒ สถาบันพระบรมราชชนก จึงถือเอาวันที่ ๖ เมษายน ของทุกปีเป็นวันสถาปนาสถาบันพระบรมราชชนก
ภายใต้พระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ.๒๕๖๒ สถาบันได้ดำเนินงานโครงการและกิจกรรมสอดคล้องกับพันธกิจหลัก ๔ ด้าน ได้แก่ ด้านการผลิตบัณฑิตด้านวิจัย ด้านการบริการวิชาการ และด้านทะนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม
ปัจจุบัน เมื่อวันที่ ๒๕ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๖๔ มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมในรัชกาลปัจจุบัน แต่งตั้งนายวิชัย เทียนถาวร ให้ดำรงตำแหน่ง อธิการบดีสถาบันพระบรมราชชนกตามมาตรา ๒๖ แห่งพระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ.๒๕๖๒ และเข้าปฏิบัติหน้าที่อธิการบดีสถาบันพระบรมราชชนก เมื่อวันที่ ๓๑ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๖๔ และ ได้มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เล่ม ๑๓๘ ตอนพิเศษ ๒๖๔ ง ในราชกิจจานุเบกษา วันที่ ๑ พฤศจิกายน ๒๕๖๔ มีพระราชโองการโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม แต่งตั้งนายกสภาสถาบันและกรรมการสภาสถาบันผู้ทรงคุณวุฒิของสถาบันพระบรมราชชนก ตามมาตรา ๑๗ และ (๘) แห่งพระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ.๒๕๖๒